企业所得税汇算清缴是企业每年财税工作的重点，也是容易出现问题的环节。2026年企业所得税汇算清缴工作已进入关键阶段，不少企业在申报过程中遇到了诸多疑问，如跨年度支出凭证缺失、应扣未扣支出处理、工资薪金扣除、优惠政策留存资料等。为帮助企业顺利完成汇算清缴，避开申报误区，本文结合国家税务总局上海市税务局发布的热点问答及2026年最新政策要求，对企业所得税汇算清缴中的高频问题进行详细解答，助力企业精准申报、合规缴税。
第一个热点问题：跨年度支出申报时，暂未取得有效凭证怎么办？这是企业汇算清缴中最常见的问题之一。根据《国家税务总局关于发布〈企业所得税税前扣除凭证管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2018年第28号）第十三、十六条规定，企业当年度实际发生的相关成本、费用，由于各种原因未能及时取得该成本、费用的有效凭证，企业在预缴季度所得税时，可暂按账面发生金额进行核算；但在汇算清缴时，应补充提供该成本、费用的有效凭证。
需要注意的是，企业应当取得而未取得发票、其他外部凭证或者取得不合规发票、不合规其他外部凭证的，若支出真实且已实际发生，应当在当年度汇算清缴期结束前，要求对方补开、换开发票、其他外部凭证。补开、换开后的发票、其他外部凭证符合规定的，可以作为税前扣除凭证。如果企业在规定的期限未能补开、换开符合规定的发票、其他外部凭证，并且未能按照相关规定提供相关资料证实其支出真实性的，相应支出不得在发生年度税前扣除。因此，企业需及时梳理跨年度支出凭证，确保在汇算清缴期内补齐相关凭证。
第二个热点问题：过了汇算清缴期，发现存在以前年度实际发生的应扣未扣支出，还能税前扣除吗？很多企业担心过了申报期限，应扣未扣支出就无法税前扣除，其实并非如此。根据上述28号公告第十七条规定，除发生特殊情形外，企业以前年度应当取得而未取得发票、其他外部凭证，且相应支出在该年度没有税前扣除的，在以后年度取得符合规定的发票、其他外部凭证或者按照规定提供可以证实其支出真实性的相关资料，相应支出可以追补至该支出发生年度税前扣除，但追补年限不得超过五年。
例如，企业2021年发生的一笔办公费用，因未能取得有效凭证未在当年税前扣除，2026年取得了合规发票，且能提供相关资料证实支出真实性，那么该笔费用可追补至2021年度税前扣除，无需在2026年度扣除。需要提醒的是，企业追补扣除时，需向税务机关说明情况，并提供相关佐证资料，确保支出的真实性和合规性。
第三个热点问题：当年计提的工资于次年发放，汇算清缴能扣除吗？这一问题涉及工资薪金的税前扣除时点，很多企业存在误解。根据相关政策规定，企业在年度汇算清缴结束前向员工实际支付的已预提汇缴年度工资薪金，准予在汇缴年度按规定扣除。也就是说，企业2025年计提的工资，若在2026年5月31日汇算清缴结束前实际发放给员工，那么该笔工资可在2025年度企业所得税汇算清缴时税前扣除；若未在汇算清缴结束前发放，则需在实际发放年度税前扣除。
企业需注意，工资薪金的税前扣除需满足两个条件：一是工资薪金实际发放，二是符合合理性原则，即工资薪金水平与企业的经营规模、行业水平相匹配，且已依法履行代扣代缴个人所得税义务。此外，企业计提的职工福利费、工会经费、职工教育经费等，需在规定比例内税前扣除，超过部分不得扣除，也不得结转以后年度扣除。
第四个热点问题：企业所得税很多优惠政策不再备案，那企业是否不再需要留存相关资料？答案是否定的。根据《中华人民共和国企业所得税法》第五十四条规定，企业应当自年度终了之日起五个月内，向税务机关报送年度企业所得税纳税申报表，并汇算清缴，结清应缴应退税款。企业在报送企业所得税纳税申报表时，应当按照规定附送财务会计报告和其他有关资料。
同时，根据《国家税务总局关于发布修订后的〈企业所得税优惠政策事项办理办法〉的公告》（国家税务总局公告2018年第23号）规定，企业享受优惠事项采取“自行判别、申报享受、相关资料留存备查”的办理方式。这意味着，企业无需提前向税务机关备案，可自行判断是否符合优惠条件，在申报时直接享受优惠，但需妥善留存相关资料，以备税务机关核查。
例如，企业享受“符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益免征企业所得税”优惠的，主要留存备查资料有被投资企业的最新公司章程、被投资企业股东会（或股东大会）利润分配决议或公告、分配表等；企业享受研发费用加计扣除优惠的，需留存研发项目立项文件、研发费用支出凭证、研发人员名单等资料。留存资料的保存期限为企业享受优惠事项后10年，若企业享受优惠事项的期间超过10年，留存资料需保存至优惠事项结束后10年。
第五个热点问题：总机构和分支机构均在上海市，分支机构还需要就地分摊企业所得税吗？根据上海市税务局的相关规定，总分机构均在本市的，由总机构汇总纳税缴纳企业所得税，分支机构无需就地分摊企业所得税。这一规定简化了本市总分机构的企业所得税申报流程，减轻了分支机构的申报负担。但需要注意的是，若总分机构跨省市设立，分支机构需按照相关规定就地分摊缴纳企业所得税，总机构汇总计算当期应纳税额，并按比例在总机构和分支机构之间分摊。
除了上述热点问题，企业在汇算清缴过程中还需避开几个常见误区：一是误以为所有支出都能税前扣除，实际上，与企业经营无关的支出、不合规凭证对应的支出、超过规定比例的支出等，均不得税前扣除；二是遗漏免税收入、不征税收入的申报，导致多缴税款；三是未按规定填报资产负债表、利润表等财务报表，导致申报数据与财务数据不一致；四是汇算清缴结束后，未妥善保管相关申报资料和留存备查资料，影响后续税务核查。
为确保汇算清缴工作顺利完成，企业可按照以下步骤操作：一是梳理全年财务数据，核对收入、成本、费用、利润等信息，确保财务数据真实、准确；二是检查税前扣除凭证，及时补开、换开不合规凭证；三是判断企业是否符合各项税收优惠条件，按要求填报优惠事项，留存相关资料；四是填写企业所得税年度纳税申报表，核对申报数据与财务数据的一致性；五是在规定期限内完成申报，缴纳税款（或申请退税），并妥善保管申报资料和留存备查资料。
若企业在汇算清缴过程中遇到疑问，可通过电子税务局、12366纳税服务热线、当地办税服务厅等渠道咨询税务机关，也可委托专业财税服务机构协助完成申报，确保汇算清缴工作合规、高效，避免因申报失误引发涉税风险。